За время войны было построено около 300 ракетных перехватчиков (серийный получил обозначение Me 163B-1a), однако их боевое применение против американских «летающих крепостей», видимо, следует считать неудачным. Число сбитых самолетов союзников по разным данным колеблется от 9 до 16 самолетов (16 - насчитали сами немцы :). При этом аварийность при взлете и посадке превышает число потерянных самолетов в боевых действиях. Малое время работы ЖРД (8 минут) значительно сокращали боевые возможности истребителя. Причина этого крылась, главным образом, в большом расходе топлива. Хроническая нехватка топлива привела к тому, что их трех сформированных групп истребителей действовала только одна.

На ранних этапах эксплуатации уровень подготовки привлеченных летчиков был выше среднего. После получения опыта полетов на планере Хабихта с крылом уменьшенного размаха он совершали буксируемые полеты на Me 163А, затем на Me 163A, заправленном водой, затем активные полеты на Me 163A и, наконец, допускались до достаточно опасного Me 163B. Серийные «Кометы» начали поступать в люфтваффе в мае 1944 г. Шпете предложил план, по которому предполагалось создать оборону из самолетов, дислоцировавшихся на аэродромах, расположенных на расстоянии около 100 км друг от друга, на которые «Кометы» всегда могли бы вернуться, чтобы перекрыть со всех направлений подход британским бомбардировщикам. Но этот план реализовать не удалось, хотя несколько боевых заданий было выполнено, в основном, самолетами с заводов в Карлехагене, Цвишенане, Виттмундхафене и Удетфельде. Первым из аэродромов, выбранным в попытке защитить основные немецкие нефтезаводы, стал Брандис под Лейпцигом.

В мае 1944 г. в Цвишенане из 1б-й испытательной бригады была сформирована I группа 400-й истребительной эскадры под командованием обер-лейтенанта Роберта Олейника, которая окончательно была оснащена самолетами в конце июля 1944 г. в Брандисе. До этого летчики «Комет» много роз пытались встретиться с противником, но все попытки оказывались безуспешными; однажды, например, из-за остановки двигателя по причине отрицательной перегрузки как раз в тот момент, когда летчик собирался стрелять по двум ничего не подозревавшим «Рипаблик» Р-47. Первое крещение состоялось 28 июля 1944 г.: шесть «Комет» поднялись на перехват 596 В-17, направлявшихся бомбить нефтеперерабатывающий комплекс Леуна-Мерсебург. Ни один самолет сбит не был, в основном, вследствие высоких скоростей сближения, а от посадок Me 163 «волосы вставали дыбом» - настолько самолет был близок к катастрофе.

Посадка самолета представлялась чрезвычайно сложной, т. к. производилась с остановленным двигателем на скорости 210 км/час. При этом, после выпуска лыжи необходимо было не забыть вернуть рычаг выпуска в нейтральное положение для снятия давления на выпуск и восстановления работы гидравлического амортизатора. Вернуть рычаг уборки-выпуска в нейтральной положение, обычная операция, выполняющаяся летчиком при каждом полете, и она доведена до автоматизма. Однако мягкая посадка с выключенным двигателем на шасси, где вместо колес используется лыжа, дело достаточно трудное, и ставка в данном случае - жизнь, при грубой посадке самолет взрывался!

А встреча в бою произошла 16 августа 1944 г., когда пять «Комет» атаковали 1096 тяжелых бомбардировщиков ВВС США, которых не проинструктировали избегать района Брандиса.

Первый перехватчик Me 163 был уничтожен кормовым стрелком В-17. Другая «Комета» сбила В-17 из 305-й бомбардировочной авиационной группы, но попала под огонь «Норт Америкам» Р-51, пилотируемого подполковником Джоном Мерфи. Однако 24 августа фельдфебель Зигфрид Шуберт поразил два B-17, а другие «Кометы» - еще два. Такого успеха больше достичь не удалось, а сам Шуберт взорвался на взлете из-за неисправной тележки. С тех пор ни разу растущая армада «Комет» не одержала подобных побед, в основном из-за скоротечности воздушного боя. Для повышения эффективности перехватчика разработали специальный прибор SG 500 (Ягдфауст) с десятью вертикальными стволами, устанавливавшимися в корнях крыла и стрелявшими вверх 50-миллиметровыми реактивными снарядами, пуск которых осуществлялся автоматически с помощью фотоэлементов, когда перехватчик проносился под целью. На испытаниях система SG 500 показала себя неплохо, но использовалась она лишь однажды, 10 апреля 1945 г., уже в самом конце войны, при этом B-17 был сбит.

Существовало много идей в отношении улучшения «Комет», в том числе намного более совершенные версии Me 163D/Ju 248/Me 263, у которых были встроенное шасси и двигатель с двумя камерами сгорании (главной и маршевой). Даже в Советском Союзе пошли по этому пути, создав И-270 (Ж), поскольку, по общей оценке, 80% Me 163 потеряли во время взлета-посадки, 15% - из-за потери управления после затягивании в пикирование или пожаров в воздухе, а потери в бою составляли лишь 5%. В 1945 г. только находившаяся на передовой I группа 400-й истребительной эскадры с 300 машинами могла встречать противника, она сбила девять бомбардировщиков, потеряв при этом 14 самолетов.

Союзнические истребители сбили в воздухе 6 Me 163, а бортстрелки бомбардировщиков около 10. Гораздо больше «Комет» было потеряно из-за аварий. ВI./ JG 400 в период между 22 мая 1944 года и 20 января 1945 года было потеряно 17 «Комет».

В качестве любопытного факта следует упомянуть об использовании «Комет» итальянскими пилотами. 18 итальянцев во главе с Джузеппе Роберте начали курс подготовки, летая на безмоторных Me 163. Никаких данных о том, что итальянцы летали на боевых Me 163B, нет.